根据《中华人民共和国物权法》的规定，共有房产的共有人可以协商分割或者请求拍卖分割。如果协商不成，可以向法院提起诉讼。在此情况下，如果乙方准备起诉确认享有两套房产一半份额，则应该尽快向法院提起诉讼。 至于时效问题，根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，一般民事诉讼时效为二年。但是，在物权确认诉讼中，如果甲方已经实际行使了所有权，则乙方的请求将会被驳回。因此，在这种情况下，乙方需要尽快向法院提起诉讼。 关于调解后重新计算三年的问题，根据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，调解书签署之日起三年内未履行或者履行不完毕的，可以重新计算时效期限。但是，在物权确认诉讼中，由于涉及到房产等财产性利益较大的纠纷，建议尽早向法院提起诉讼以保护自己的合法权益。